За алтарем Троицкого собора находится небольшое монастырское кладбище. Первой в 1884 году здесь похоронили по ее завещанию святую блаженную Пелагию Ивановну. Рядом с ней упокоились блаженные Наталия Дмитриевна и Параскева Ивановна.
В 1904 году у центральной алтарной апсиды был устроен склеп, в котором установили гроб первой Дивеевской игумении - Марии (Ушаковой). До закрытия монастыря у Троицкого собора хоронили священнослужителей и благодетелей обители, в частности, протоиерея Иоанна Гусева и московского купца Федора Васильевича Долгинцева, подарившего монастырю усадьбу для московского подворья и построившего Преображенский собор.
В 2001 году у алтаря правого придела был предан земле епископ Балахнинский Иерофей (Соболев). В 2002 году в монастырь перенесли с городского муромского кладбища останки второй Дивеевской игумении - Александры (Траковской). Первые сестры возрождаемого монастыря, скончавшиеся до 2003 года, также покоятся на этом кладбище; и среди них - схимонахиня Маргарита (Лахтионова), единственная из сестер старого монастыря, которая дождалась возрождения обители и несколько лет прожила в ней.
